Productions Végétales : La conduite des productions végétales est basée sur l’amélioration constante de la fertilité et de l’activité biologique des sols et privilégie l’apport d’amendements organiques. L’utilisation de produits chimiques de synthèse est interdite. Il s’agit de nourrir le sol pour nourrir la plante .

Productions animales : L’élevage bio doit se conformer aux besoins spécifiques des différentes espèces animales et tenir compte des deux grands principes en bio qui sont le lien au sol et le respect du  bien-être animal. Les animaux, nourris avec des aliments naturels, sains et variés, sont eux-mêmes source de fumure organique permettant le maintien de la fertilité des sols. L’efficacité économique de l’élevage reposera très fortement sur ses possibilités d’autonomie alimentaire.

Conversion Avant que leurs récoltes ne puissent être considérées et vendues comme étant issues de l’agriculture biologique, les surfaces passent par une phase de conversion de 2 ans avant ensemencement pour les annuelles, 3 ans avant la récolte pour les pérennes. Pendant cette période de conversion, toutes les règles de la bio doivent être appliquées. Sous certaines conditions, il est possible commercialiser des produits végétaux certifiés en deuxième année de conversion. Fertilisation La fertilisation est basée sur des rotations longues des cultures, comprenant des légumineuses, des engrais verts, l’épandage d’effluents bio. Si ces méthodes ne suffisent pas, d’autres engrais peuvent être utilisés, y compris des effluents conventionnels d’origine non industrielle, à condition qu’ils soient dans la liste positive dédiée. Par accord tacite, l’interprétation courante est qu’il est possible d’utiliser le fumier d’un élevage dès lors qu'il n'est pas « hors-sols ». L’azote minéral est interdit. L’apport d’effluents animaux ne doit pas dépasser 170 kg N/ha, cette limite ne s'appliquant qu'aux engrais organiques d’origine animale. Protection des cultures La protection des plantes (maîtrise des adventices, lutte contre les ravageurs et les maladies) est basée sur la protection par des auxiliaires naturels, le choix des espèces et des variétés culturales, la rotation des cultures, les techniques culturales, le travail du sol et les procédés thermiques. En cas de menace avérée pour une culture et si les moyens précédents ne suffisent pas, seules les spécialités commerciales autorisées à la mise sur le marché (AMM) et conformes à la réglementation bio peuvent être utilisées. Le désherbage utilise principalement des moyens mécaniques et thermiques. Lien au sol et mixité L’hydroponie est interdite, les racines de la plante ne pouvant pas être dans une solution ou dans un matériel inerte enrichi d’une solution. La mixité de production bio/non bio est interdite sur les mêmes variétés ou des variétés non distinguables à l’œil nu. Pour des variétés différentes, la mixité est possible à condition de bien séparer les unités. Semences Les semences et matériels de reproduction végétative doivent être bio. Des dérogations sont possibles en cas d’indisponibilité. Depuis 2004, la vérification de la disponibilité en semences biologiques passe par le site Internet http://www.semences-biologiques.org/. L’utilisation d’OGM (notamment de semences OGM) et de ses dérivés est interdite.

Conversion et origine des animaux Les pâturages, parcours et aires d’exercices extérieures sont soumis à une conversion de 2 ans, qui peut être réduite sous certaines conditions (non utilisation de produits interdits...). La durée de conversion des animaux est variable selon les espèces de 6 semaines à 12 mois. Une conversion simultanée en 2 ans des animaux et des surfaces est possible. Les animaux bio doivent naitre et être élevés en bio, mais il est possible d’acheter des animaux conventionnels si des animaux bio ne sont pas disponibles. Sauf pour les volailles, cela n'est possible qu'à des fins de reproduction (pas d'engraissement en bio d'animaux conventionnels). Les achats de femelles nullipares conventionnelles sont limités en quantité sauf pour la première constitution de cheptel, avec des exceptions en cas de forte mortalité, catastrophes… La mixité de production bio/non bio est interdite sur les mêmes espèces. Pour des espèces différentes, la mixité est possible à condition de bien séparer les unités. Alimentation L'alimentation des animaux bio répond à trois grands principes : - bio : à 100% pour les herbivores, 95% pour les monogastriques (100% en 2012). Il est possible d'utiliser des aliments en deuxième année de conversion (30% en achat extérieur, 100% en autoproduction), voire des fourrages autoproduits en première année de conversion (20% max). - adaptée à l'animal : 60% minimum de fourrages grossiers pour les herbivores, lait naturel pour les jeunes... - produite principalement sur la ferme, ou, si cela n'est pas possible, dans la région ou, à défaut, des régions proches. Les matières 1ères non bio additifs, etc... ne peuvent être utilisés que s'ils sont dans la liste dédiée. L'utilisation de facteurs de croissance et d'acides aminés de synthèse est interdite. Enfin, il est interdit de nourrir ses animaux avec des matières premières OGM.   Bien-être et respect de l'éthologie Les densités sont limitées, que ce soit dans les bâtiments ou sur les parcours. Les bâtiments sont adaptés aux animaux (lumière naturelle, aérations, 50% minimum du sol sans caillebotis et paillé,  nombre de nids minimum pour les volailles, perchoirs pour les poules…). Pas de cages et en principe pas d’attache (sauf pour les anciens bâtiments et les petites exploitations). L'accès au plein air, aux pâturages pour les herbivores, est obligatoire lorsque les conditions météo le permettent (des exceptions sont prévues à certains stades fragiles). La reproduction recourt de préférence à des méthodes naturelles. Toutefois, l'insémination artificielle est autorisée. Pas de traitements à base d'hormones ou de substances analogues, sauf dans le cadre d'un traitement vétérinaire individuel. Le clonage et le transfert d'embryons sont interdits. Seules un petit nombre de mutilations sont autorisées (castration, écornage, coupe des queues des moutons et épointage des volailles). A l'exception de la castration, ces opérations ne peuvent être réalisées systématiquement. Elles doivent être faites à l'âge approprié, sous certaines conditions. Santé animale La prévention (alimentation, hygiène, logement, conduite) limite les principaux risques sanitaires. La vaccination est également autorisée en bio. En cas de maladie, l'élevage bio donne une priorité claire aux traitements homéopathiques et phytothérapiques. Les traitements allopathiques chimiques (y compris antibiotiques) ne sont possibles qu'en curatif et leur nombre est limité (de 1 à 3 par an selon la durée de vie de l'animal, hors traitements obligatoires et vaccins). Seuls les anti-parasitaires ne sont pas limités en nombre. Le délai d’attente légal entre un traitement allopathique et la vente des produits est doublé, et il est de 48H minimum. Effluents Le chargement global doit être tel que la quantité d’effluents ne dépasse pas 170 kg d’N/ha/an (surface épandable). Les effluents excédentaires doivent être contractualisés avec une autre exploitation pour être épandus sur des surfaces bio.